Labelling strategies in metabarcoding studies & how to ensure that nucleotide tags stay in place
نویسندگان
چکیده
Labelling strategies in metabarcoding studies & how to ensure that nucleotide tags stay place Metabarcoding of environmental DNA (eDNA) and extracted from bulk specimen samples is a powerful tool ecological interactions, diet biodiversity, as its labelling amplicons allows high-throughput sequencing taxonomically informative sequences many parallel. The backbone the addition sample-specific identifiers then following using these assign they originated from. This pooling hundreds thousands before thereby full utilisation capacity platforms. can be added both during PCR library preparation, i.e. when are prepared for sequencing. There three main with which achieve studies. One commonly used strategy so-called tagged approach extracts individually amplified primers carry at 5’ end. uniquely products pooled on pool amplicons. However, tag‐jumps have been documented this (Schnell et al. 2015). Tag-jumps cause switch between amplicons, resulting occurrence different than originally applied. Sequences output tag combinations not study design easily identified excluded. carrying incorrect, but already used, will incorrect assignments samples. - much detriment lead false positives artificial inflation diversity tag-jumps has led recommendations only out amplifications twin-tags cannot result increases cost workload In recently published article, we demonstrate tag-jump free single-tube preparation protocol Illumina specifically designed Tagsteady (Carøe Bohmann 2020). We circumvent two steps pools 5ʹ nucleotide-tagged had previously suggested tag-jumps; i) T4 polymerase blunt-ending end-repair step, ii) post-ligation amplification amplicon libraries. twin‐tagged investigate effect tag‐jumps. Doing this, demonstrated blunt‐ending PCR, alone or together, high proportions tag-jumps, our up ca. 49% total sequences. where were left resulted tag‐jump levels comparable background contamination study, encourage practitioners avoid pools, example by enable efficient cost-effective generation data correct assignment References Carøe C, K (2020) Tagsteady: A Molecular Ecology Resources , 20 1620–1631. Schnell IB, K, Gilbert MTP (2015) Tag jumps illuminated reducing sequence-to-sample misidentifications 15 1289–1303.
منابع مشابه
How to Ensure That It Outsourcing Delivers
Cost saving is a critical objective for most companies that use outside help for the management of their IT function. Many businesses, though, fail to realize the savings they expected. And such failures are common whether the companies use traditional outsourcing (in which IT services are shifted wholly or in part to one or more provider organizations whose compensation is based on the satisfa...
متن کاملResidents Desire to Stay in a Place: Evidences from Iran’s New Towns
The policy of creating new towns in developing countries like Iran has been implemented to provide housing, reduce high migration rates to major metropolises and be incorporated within regional developmental policies. These new towns in Iran, however, face some problems. One of the most important challenges these towns deal with is that unwillingness of the residents to stay there after the...
متن کاملthe place of iranian public diplomacy in central asia
چکیده: نسبت به کارکرد و ماهیت دیپلماسی عمومی در جهان امروز نظریه های متعددی بیان گردیده و جایگاه آن در کنار نظریه های دیگر در محافل آکادمیک و دانشگاهی بررسی و تحلیل گردیده است. نظر به اهمیت دیپلماسی عمومی و جایگاه آن در سیاست خارجی ایران این نوشتار با تمرکز بر دیپلماسی عمومی در منطقه آسیای مرکزی تهیه و تنظیم شده است. این ضرورت از آنجا ناشی می شود که اولاً مفهوم دیپلماسی عمومی در سیاست خارجی ای...
15 صفحه اولترجمه بخشی از کتاب "critical readings in translation studies"
چکیده در دنیای پیچیده ی امروز، تغییرات زیادی در زندگی بشری در حال وقوع اند و شاهد رقابت های بسیار فشرده ی جوامع در دستیابی به فناوری برتر و قدرت بیشترهستیم. به نظر می رسد که فرد وجامعه مجبورند به طریقی در وضعیت خویش دگرگونی ایجاد کنند تا از قافله ی علم، فناوری، و پیشرفت عقب نمانند. رشته مطالعات ترجمه نیز از این قاعده مستثنا نیست. علی رغم وسعت روز افزون پژوهش در این حوزه و میان رشته ای بودن مطال...
identifying the strategies persian efl learners use in reading an expository text in english and examining its relation to reading-proficiency and motivation: a think-aloud study
هدف اصلی از این مطالعه بررسی نوع و میزان استراتژی هایی بود که دانشجویان فارسی زبان رشته ی زبان انگلیسی در حین خواندن یک متن انگلیسی به کار گرفتند. این مطالعه همچنین به بررسی تفاوت های استراتژی های مورد استفاده بین دارندگان سطح بالا و پایین درک مطلب پرداخت. نوع همبستگی بین استراتژی به کار گرفته و درک مطلب از یک سو و استراتژی به کار گرفته و انگیزه از سوی دیگر نیز در این تحقیق مورد آزمایش قرار گرف...
15 صفحه اولذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: ARPHA Conference Abstracts
سال: 2021
ISSN: ['2603-3925']
DOI: https://doi.org/10.3897/aca.4.e65450